Μετά την πτώση της Βυζαντινής Αυτοκρατορίας, η τουρκοκρατούμενη πλέον Ελλάδα συνεχίζει να υπάγεται εκκλησιαστικώς στην δικαιοδοσία του Πατριαρχείου Κωνσταντινουπόλεως. Βασική επέμβαση του Πατριαρχείου στα εσωτερικά της Ελλαδικής εκκλησίας ήταν η εκλογή και η χειροτονία των κληρικών της, όπως επιβαλλόταν τόσο από ειδική πρόβλεψη του Κορανίου όσο και από τα πολιτικά συμφέροντα του Οθωμανού κατακτητή. Η Επανάσταση του 1821 σήμανε την αυτόματη διακοπή των σχέσεων μεταξύ της Ελληνικής Εκκλησίας και του Οικουμενικού Πατριαρχείου. Η διοίκηση έτσι της Ελληνικής Εκκλησίας επέρχεται αναγκαστικά στα χέρια των μεγάλων τοπικών πολιτικών διοικήσεων της Ανατολικής και Δυτικής Ελλάδος και της Πελοποννήσου.
Για πρώτη φορά, με αυτό τον τρόπο, η Ελληνική ΄΄πολιτεία΄΄ αναλαμβάνει τη διαχείριση και τον έλεγχο της διοίκησής της Εκκλησίας και των εκκλησιαστικών ζητημάτων υποκαθιστώντας το Οικουμενικό Πατριαρχείο. Με τα πρώτα Συντάγματα της Ελλάδος, έχουμε την πρώτη ουσιαστική και πλέον γραπτή εκ του Συντάγματος κατοχυρωμένη μέριμνα της πολιτείας για την Εκκλησία. Ειδικότερα, οι παρθενικές συνταγματικές απόπειρες των Ελλήνων καθιέρωναν το δικαίωμα της θρησκευτικής ελευθερίας, ενώ καθιστούσαν ως επικρατούσα θρησκεία της Ελλάδος την Ανατολική Ορθόδοξη Εκκλησία. Ιδρύεται αρμόδιο όργανο για την επίλυση των εκκλησιαστικών προβλημάτων, γνωστό ως ΄΄Υπουργείον Θρησκείας» όπως μετονομάσθηκε σε ΄΄Υπουργείο Λατρείας΄΄.
Τον Μάρτιο του 1827, η Γ΄ Εθνοσυνέλευση κορυφώνοντας τις διεργασίες γύρω απο το εκκλησιαστικό ζήτημα, συγκροτεί επιτροπή από πέντε Αρχιερείς προκειμένου να συντάξουν Σχέδιο ΄΄περί του πώς αρμόζει να κυβερνάται το Εκκλησιαστικόν΄΄, όπου βασικός επιτευκτέος, μέσω του Σχεδίου, στόχος ήταν η επανένωση της Ελληνικής Εκκλησίας με τη Μητέρα Μεγάλη Εκκλησία και τον Κυριάρχό τους Πατριάρχη. Η εκλογή όμως του Ιωάννη Καποδίστρια ως Κυβερνήτη της Ελλάδος από την Συνέλευση της Τροιζήνας, έμελλε να αναβάλλει την υλοποίηση του.
Ο νέος Κυβερνήτης της Ελλάδος, αφού έλαβε πλήρη ενημέρωση ΄΄περί της καταστάσεως και των χρειών της Εκκλησίας΄΄ επεδίωξε την άμεση επίλυση των εκκλησιαστικών προβλημάτων και ζητημάτων. Για το λόγο αυτό, με το Δ΄ Ψήφισμα της 23ης Ιανουαρίου 1828 αποφασίσθηκε η συγκρότηση πενταμελούς Εκκλησιαστικής Επιτροπής από Αρχιερείς η οποία θα περιόδευε ανά την Ελλάδα με σκοπό την επί τόπου γνώση τη καταστάσεως της Εκκλησίας και κατ΄ ουσίαν την διοίκηση αυτής.
Η Δ΄ Εθνική Συνέλευση που συνήλθε στο Άργος το 1829,μπορεί να μη ψήφισε εν τέλει σύνταγμα, αλλά ασχολήθηκε με τη ρύθμιση των εκκλησιαστικών ζητημάτων. Με πρόταση του Κυβερνήτη, ιδρύθηκε η ΄΄Γραμματεία επί των Εκκλησιαστικών και της Δημοσίου Παιδεύσεως΄΄ ολοκληρώνοντας με αυτό το τρόπο τη αποστολή της πενταμελούς Εκκλησιαστικής Επιτροπής .Αποστολή της Γραμματείας είναι η ολοκληρωτική ρύθμιση των εκκλησιαστικών ζητημάτων με αποφάσεις του αρμόδιου Υπουργού. Τέλη του 1831, στο Άργος, η Ε΄ Εθνοσυνέλευση ορίζει στο ΄΄Ηγεμονικό΄΄ και τελικά μη εφαρμοστέο Σύνταγμα του 1832, ως επικρατούσα θρησκεία στην Ελλάδα την Ανατολική Ορθόδοξη Εκκλησία(άρθρο 6) και ότι ΄΄τα εκκλησιαστικά, καθ’ όσον ανάγεται εις την εκκλησιαστικήν τάξιν και διακόσμησιν θέλουσι διέπεσθαι υπό πενταμελούς εκκλησιαστικού συμβουλίου εξ αρχιερέων εκλεγομένων υπό της νομοθετικής εξουσίας και διοριζομένων υπό της κυβερνήσεως.΄΄(‘αρθρο 7) .
Η έλευση του Όθωνα και η συνδιακυβέρνση του Ελληνικού Βασιλείου με την Βαυαρική Αντιβασιλεία, επέδρασε αποφασιστικά στην διαμόρφωση μιας διαφορετικής πολιτικής για το Εκκλησιαστικό ζήτημα, στόχος της οποίας ήταν η οριστική αποδέσμευση και απόσχιση της Ελλαδικής Εκκλησίας από το Οικουμενικό Πατριαρχείο. Η πολιτική αυτή στάση ενισχυόταν τόσο από τις απόψεις του πρεσβυτέρου Θεοκλήτου Φαρμακίδη του οποίου η επιρροή και η στήριξη ήταν φανερή, όσο και από τις ξενικές απόψεις γύρω από τα θρησκευτικά ζητήματα των Αντιβασιλέων. Απόληξη των διεργασιών, ήταν η σύγκληση της Συνόδου των Αρχιερέων στο Ναύπλιο στο διάστημα 15-26 Ιουλίου του 1833. Αποκύημα της Συνόδου και ως Διάταγμα της Αντιβασιλείας εκδόθηκε στις 23 Ιουλίου με 4 Αυγούστου 1833, η Διακήρυξη ΄΄Περί της Ανεξαρτησίας της Ελληνικής Εκκλησίας΄΄ η οποία αποτελεί και τον πρώτο Καταστατικό Χάρτη της Εκκλησίας της Ελλάδος. Σύμφωνα με τη Διακήρυξη, η ΄΄Ορθόδοξος Ανατολική Αποστολική Εκκλησία της Ελλάδος΄΄είναι αυτοκέφαλη και ανεξάρτητη, κατά το διοικητικόν μέρος έχει ως αρχηγό το Βασιλέα ενώ η ΄΄υπέρτατη Εκκησιαστική εξουσία εναπόκειται ,υπό την του Βασιλέως κυριαρχίαν, εις χείρας Συνόδου διαρκούς.΄΄
Η αντιμετώπιση του Εκκλησιαστικού Ζητήματος από την Αντιβασιλεία υπήρξε μία από τις κύριες πηγές διαμαρτυρίας του λαού κατά τη περίοδο της απολυταρχίας. Μετά την στάση της Φρουράς των Αθηνών, στις 3 Σεπτεμβρίου 1843, ΄΄η της Τρίτης Σεπτεμβρίου εν Αθήναις Εθνική Συνέλευσις των Ελλήνων΄΄ συνέδραμε στην εξομάλυνση των εκκλησιαστικών πραγμάτων και στην επαναφορά της τάξης.
Υπό την επίδραση της αυτή, τον Νοέμβριο του 1843 η Σύνοδος υπέβαλλε Έκθεση της στη Συνέλευση με κεντρικό αίτημα της να διοικείται η Εκκλησία σύμφωνα με τους κανόνες της, κατακρίνοντας ταυτόχρονα την απομάκρυνση της από την Μητέρα Εκκλησία. Το Σύνταγμα του 1844 τελικά όρισε στα άρθρα 1 και 2 ότι ΄΄η επικρατούσα θρησκεία εις την Ελλάδα είναι η της Ανατολικής Ορθοδόξου του Χριστού Εκκλησίας, πάσα δε άλλη γνωστή θρησκεία είναι ανεκτή, και τα της λατρείας αυτής τελούνται ακωλύτως υπό την προστασίαν των Νόμων, απαγορευμένου του προσηλυτισμού και πάσης άλλης επεμβάσεως κατά της επικρατούσης θρησκείας. Η ορθόδοξος Εκκλησία της Ελλάδος, κεφαλήν γνωρίζουσα τον Κύριον ημών Ιησούν Χριστόν, υπάρχει αναποσπάστως ηνωμένη δογματικώς μετά της εν Κωνσταντινουπόλει μεγάλης και πάσης άλλης ομοδόξου του Χριστού Εκκλησίας, τηρούσα απαραλλάκτως ως εκείναι τους τε ιερούς, αποστολικούς και συνοδικούς κανόνας και τάς ιεράς παραδόσεις, είναι δε αυτοκέφαλος, ενεργούσα ανεξαρτήτως πάσης άλλης εκκλησίας, τα κυριαρχικά αυτής δικαιώματα, και διοικείται υπό Ιεράς Συνόδου Αρχιερέων΄΄.
‘Ηδη το 1834 αρχίζουν οι διαπραγματεύσεις για την αποκατάσταση των σχέσεων της Ελληνικής Εκκλησίας με τον Οικουμενικό Πατριαρχείο. Το 1844, η πολιτική αστάθεια και η επάνοδος του Θ. Φαρμακίδη αφήνουν στάσιμη την εκκλησιαστική κατάσταση. Μόλις το 1849, με αφορμή το πρόβλημα της πληρώσεως των κενών του επισκοπικών θρόνων, η Εκκλησία της Ελλάδος με επίσημο γράμμα συνοδευόμενο από πράξη της Συνόδου προς την Κυβέρνηση, ζητά την αναγνώρισή της από το Οικουμενικό Πατριαρχείο.
Τον Ιούνιο του 1850,η Μεγάλη Σύνοδος του Πατριαρχείου εκδίδει Συνοδικό Τόμο με τον οποίο ανακηρυσσόταν ως αυτοκέφαλη η Εκκλησία της Ελλάδος υπό ρητούς όρους που εξασφάλιζαν την ενότητα της με τη Μεγάλη του Χριστού Εκκλησία και τις λοιπές Ορθόδοξες Εκκλησίες. Παρά τα προνόμια που παρέχονταν, η Βουλή απέρριψε την ψήφιση του. Εν όψει, αυτής της καταστάσεως, η Κυβέρνηση προχώρησε στην ψήφιση του Ν.ΣΑ΄/1852 με τον οποίο αναγνωρίζεται ως ανώτατη αρχή της Εκκλησίας η Ιερά Σύνοδος ,επαναφέροντας κατ΄ ουσία τις πολιτειοκρατικές αρχές στις σχέσεις Κράτους-Εκκλησίας καίτοι εξακολουθεί να υφίσταται ο θεσμός του Βασιλικού Επιτρόπου του οποίου η μη προσυπογραφή των αποφάσεων της Συνόδου επιφέρει ακυρότητα.
Στο Σύνταγμα του 1864, επαναλαμβάνονται οι διατάξεις του Συντάγματος του 1844 με διαφορά τη προσθήκη διάταξης (άρθρα1-2)που αφορούσε την εποπτεία της Πολιτείας στους λειτουργούς όλων των ΄΄ανεγνωρισμένων΄΄ θρησκειών. Διαμάχη ξεσπά μεταξύ του Πατριαρχείου και της Ελληνικής Εκκλησίας για την προσάρτηση των εκκλησιαστικών περιοχών της Επτανήσου, της Θεσσαλίας και τμήματος της Ηπείρου. Μετά από διαπραγματεύσεις το θέμα λύνεται με Πατριαρχική και Συνοδική Πράξη της 4ης Σεπτεμβρίου 1928,με την οποία το Πατριαρχείο αναθέτει υπό όρους ΄΄επιτροπικώς΄΄ την διοίκηση των επαρχιών αυτών από την Εκκλησία της Ελλάδος. Η Πράξη αυτή αποτελεί την sine qua non προϋπόθεση του προϊσχύσαντος Ν.3615/1928 για το ζήτημα των ΄΄Νέων Χωρών΄΄, ζήτημα διαρκούς τριβής μεταξύ του Οικουμενικού Πατριαρχείου και της Εκκλησίας της Ελλάδος. Ακολουθούν τα Συντάγματα του 1925 και 1927, τα οποία συμβαδίζουν με την προηγούμενη συνταγματική πρακτική με μόνη ρηξικέλευθη προσθήκη αυτή της διατάξεως περί θρησκευτικής ελευθερίας.
Μετά το στρατιωτικό πραξικόπημα του Οκτωβρίου 1935 και την επαναφορά της ισχύος του Συντάγματος του 1911, το Σύνταγμα του 1952 υιοθετεί την καινοτομία των διατάξεων που θεμελιώνουν την θρησκευτική ελευθερία επεκτείνοντας την με την θέσπιση διατάξεων σχετικών με τη ελευθερία της θρησκευτικής συνειδήσεως. Ειδικότερα, καθιερώνεται το απαραβίαστο της ελευθερίας της θρησκευτικής συνειδήσεως υπό τους περιορισμούς ότι η άσκηση της λατρείας δεν επιτρέπεται να προσβάλλει τη δημόσια τάξη και τα χρηστά ήθη και ότι κανένας δεν επιτρέπεται εξ΄ αιτίας των θρησκευτικών του πεποιθήσεων να απαλλαγεί από την εκπλήρωση των υποχρεώσεων του προς το Κράτος ή να αρνηθεί τη συμμόρφωση του με τους νόμους της χώρας(άρθρο 2 παρ.3-5).
Το στρατιωτικό πραξικόπημα της 21ης Απριλίου 1967 δεν άφησε ανεπηρέαστο το εκκλησιαστικό ζήτημα. Η ΄΄Εθνική Κυβέρνηση΄΄ αρχικώς παρενέβη στα εσωτερικά της Εκκλησίας ,με την έκδοση του Α.Ν.3/1967 καταργώντας τον ισχύοντα Καταστατικό Χάρτη (Ν.671/1943) και επιβάλλοντας ένα αυταρχικό και αντικανονικό σύστημα διοικήσεως, κύριο χαρακτηριστικό της οποίας ήταν η κατάργηση της ΄΄αριστίνδην΄΄ Συνόδου της ανώτερης δηλαδή εκκλησιαστικής αρχής της Εκκλησίας της Ελλάδος.
Εν συνεχεία, αξιομνημόνευτες παρεμβάσεις της ΄΄πολιτείας΄΄ αποτελούν οι ακόλουθες: α) η Σ.Π. Δ΄/1967 με την οποία κηρυσσόταν απαράδεκτη η άσκηση οποιασδήποτε προσφυγής ή αίτησης ακυρώσεως κατά των διοικητικών πράξεων που εξέδωσε η 21η Απριλίου 1967 β) ο Α.Ν.214/1967 που επέβαλλε ένα όλως ανελεύθερο σύστημα απονομής της εκκλησιαστικής δικαιοσύνης και γ) η Σ.Π. Λ.Σ.Τ΄/1967 που επέβαλλε την υποχρεωτική αποχώρηση όσων Ιεραρχών είχαν συμπληρώσει ορισμένο χρόνο ΄΄υπηρεσίας΄΄ ή είχαν απολέσει την έξωθεν καλή μαρτυρία, με ποινή τον υποχρεωτικό εγκλεισμό τους σε Μονές. Τέλος, τα ΄΄Συντάγματα΄΄ της περιόδου 1967-1974 και ειδικότερα εκείνα του 1968(άρθρο 1) και 1973 (άρθρο 1), όσον αφορά στις Σχέσεις Εκκλησίας-Πολιτείας δεν παρέκλιναν από την πάγια πλέον μορφή των προηγουμένων συνταγματικών διατάξεων, εξαιρουμένων φραστικών δογματικών διαφορών.
Η εξέγερση του Πολυτεχνείου το Νοέμβριο του 1973, αφού κατήργησε την τότε ΄΄Κυβέρνηση΄΄ Παπαδόπουλου, έκανε φανερή τη πρόθεση της να εξομαλύνει την Εκκλησιαστική Κρίση οδηγώντας τον επί δικτατορίας εκλεγέντα Αρχιεπίσκοπο Αθηνών Ιερώνυμο (Κοτσώνη), σε παραίτηση μέσω του Π.Δ.442/1973 που με απόφαση της Ιεράς Συνόδου έγινε δεκτή. Έπεται η Σ.Π.3/1974 που προέβλεπε την εκλογή νέου προκαθημένου σύμφωνα με τους ιερούς κανόνες και δη »κατά τη διαδικασία του τριπροσώπου δελτίου ΄΄. Όρος της εκλογής ήταν η μη συμμετοχή των Μητροπολιτών που συνέπραξαν με τη ΄΄κυβέρνηση΄΄ του 1967 για την αντικανονική εκλογή του Αρχιεπισκόπου καθώς και όσοι προέδρευαν υπό τον εν λόγω Αρχιεπίσκοπο. Εκλόγιμοι ήταν μόνο εκείνοι που είχαν εκλεγεί και χειροτονηθεί κανονικώς. Έτσι, με βάση τις διατάξεις της Σ.Π.3 και του Ν.Δ.274/1974 η Ιερά Σύνοδος παρουσία του Υπουργού Εθνικής Παιδείας και Θρησκευμάτων εξέλεξε για την πλήρωση του αρχιεπισκοπικού θρόνου τον Μητροπολίτη Ιωαννίνων Σεραφείμ (Τίκα) με το Π.Δ. 15/1974.
Παρά την ορθή φιλοσοφία της Σ.Π. 3/1974 (πράξης κατοχυρωμένης με ισχύ συντακτικής πράξης) περί εφαρμογής των ιερών κανόνων και την αποκατάσταση των εκκλησιαστικών πραγμάτων το Ν.Δ. 411/1974 και κυρίως η Σ.Π. 7/1974 δημιούργησαν νέα κρίση στα εκκλησιαστικά πράγματα. Συγκεκριμένα, με την πρόβλεψη ιδιωνύμου εκκλησιαστικού αδικήματος και της δυνατότητας ανάκλησης αποφάσεων των αντικανονικών εκλογών (Σ.Π.7/1974), διατάξεις διάτρητες από νομική και κοινωνική άποψη, επέφεραν μία πρωτοφανή ανωμαλία στον Εκκλησιαστικό κύκλο (ζήτημα γνωστό ως των ΄΄Ιερωνυμικών΄΄ Αρχιερέων αποτελεί λόγο διαμάχης μέχρι και σήμερα.)
Η πολιτειακή μεταβολή της 24ης Ιουλίου 1974, η Σ.Π. της 1ης Αυγούστου1974 και η de facto και de iure κατάργηση των συντακτικών πράξεων της δικτατορίας ανέστειλε αναγκαστικώς την εφαρμογή των παραπάνω διεργασιών. Και ενώ οι σχέσεις του Οικουμενικού Πατριαρχείου με την Ελλαδική Εκκλησία είχαν αρχίσει να εξομαλύνονται , η ελληνική πολιτεία εκδίδει το πρώτο στη περίοδο της μεταπολιτεύσεως Ν.Δ.87/1974 σύμφωνα με το οποίο καταργείται ο Καταστατικός Χάρτης της Δικτατορίας και τίθεται εκ νέου σε ισχύ ο προηγούμενος Καταστατικός Χάρτης Ν.671/1943.Με το νέο Χάρτη επαναφέρεται η Ιερά Σύνοδος ως ανώτατη αρχή, καταργείται ο Α.Ν.214/1967 και χορηγείται σε όσους καταδικάστηκαν το δικαίωμα της έφεσης κατά των καταδικαστικών τους αποφάσεων. Μετά την επίλυση των πολιτειακών θεμάτων, η Ε΄ Αναθεωρητική Βουλή ψήφισε το Σύνταγμα του 1975.
Το νέο Σύνταγμα παρ΄ ότι απομακρύνθηκε από εκείνο του 1952,ουσιαστικά διαφέρει ως προς τη συνταγματική γεωγραφία του. Αναλυτικότερα ,για πρώτη φορά σε συνταγματικό κείμενο διασπώνται οι διατάξεις οι σχετικές με τη θρησκευτική ελευθερία και μετατίθενται στο δεύτερο μέρος που περιελάμβανε τα Ατομικά και Κοινωνικά Δικαιώματα (άρθρο 13), ενώ εκείνες που αφορούν στις σχέσείς Εκκλησίας-Πολιτείας εντάσσονται στο πρώτο μέρος με τις βασικές διατάξεις (άρθρο 3).Τέλος, η Ολομέλεια της Βουλής ψηφίζει τον πρώτο μετά τη δικτατορία Καταστατικό Χάρτη της Εκκλησίας με τον Ν.590/1977, προϊόν ειδικής κληρικολαϊκής επιτροπής, της οποίας τη σύσταση προέβλεψε το Ν.Δ.87/1974 και ο οποίος, όπως στο μεταξύ τροποποιήθηκε, εξακολουθεί να ισχύει ακόμη και σήμερα.
Η νέα κυβέρνηση του ΠΑ.ΣΟ.Κ των εκλογών της 18ης Οκτωβρίου του 1981,παραμένει πιστή στην διακήρυξη της 3ης Σεπτεμβρίου 1974, και εκφράζει ρητά την πεποίθηση της για τον οριστικό διαχωρισμό της Εκκλησίας από τη Πολιτεία, καθώς και τις απόψεις της για την κοινωνικοποίηση της μοναστηριακής περιουσίας. Οι εξαγγελίες αυτές δεν οδήγησαν στις αναμενόμενες αντιδράσεις, όσο αυτές εμφανίστηκαν στην προσπάθεια καθιερώσεως του πολιτικού γάμου. Αντιδράσεις που τελικά οδήγησαν στην ανατροπή των σχεδίων της Κυβέρνησης και στην καθιέρωση, με το Ν1250/1982 και το Π.Δ.391/1982,του πολιτικού και του θρησκευτικού γάμου ως ισόκυρους. Όμοια αντίδραση του Εκκλησιαστικού χώρου, εκδηλώθηκε και στο θέμα της αποποινικοποιήσεως της μοιχείας που εντέλει συντελέστηκε με το Ν.1272/1982 και τη κατάργηση των σχετικών διατάξεων του Ποινικού Κώδικα.
Η εκ των εκλογών νεοαναδειχθείσα κομματική παράταξη του ΠΑ.ΣΟ.Κ, κατευθύνει και πάλι τη νομοθετική της παραγωγή και πρωτοβουλία προς το εκκλησιαστικό ζήτημα. Με το Ν.1566/1985 εξειδικεύεται η γενική διατύπωση του Συντάγματος για ανάπτυξη της εθνικής και θρησκευτικής συνειδήσεως (άρθρο 16 παρ.2 Σ.), ενώ μεταξύ των σκοπών της εκπαιδεύσεως περιλαμβάνεται πλέον η υποβοήθηση των μαθητών «να διακατέχονται από πίστη … προς τα γνήσια στοιχεία της ορθόδοξης χριστιανικής παράδοσης». Μείζον θέμα που απασχόλησε την Εκκλησιαστική κοινότητα και έφερε σε ρήξη τις σχέσεις Εκκλησίας και Πολιτείας, ήταν αυτό της μοναστηριακής περιουσίας και της κοινωνικοποίησης αυτής.
Επί Υπουργίας Α. Τρίτση, νομοσχέδιο που κατετέθη στις αρχές του 1987,πρόεβλεπε τη μεταβολή του συστήματος διοικήσεως όλης της εκκλησιαστικής περιουσίας τόσο των Μονών όσο και των Ενοριακών Ναών και των Μητροπόλεων. Η δυναμική αντίδραση της Εκκλησίας δεν απέτρεψε κατ΄ αρχήν την ψήφιση του νομοσχεδίου από τη Βουλή και τη θέση του σε ισχύ ως Ν.1700/1987. Απ΄ ευθείας διαβουλεύσεις μεταξύ του Πρωθυπουργού Α. Παπανδρέου και του Αρχιεπισκόπου Σεραφείμ οδήγησαν στη σύναψη σύμβασης-διακανονισμού μεταξύ του Δημοσίου και ενός αριθμού Μονών που τελικά την αποδέχτηκαν, όπως αυτή κυρώθηκε με το Ν.1811/1988 και που τελικά παρέμεινε ανενεργός.
Η ανάδειξη της Νέας Δημοκρατίας στην εξουσία (1990-1993), προμήνυε την πρόθεση της για διατήρηση καλών σχέσεων με τη διοίκηση της Εκκλησίας και δεν οδήγησε στην αναμενόμενη κατάργηση του Ν.1700/1987. Με τροπολογία που προστέθηκε στο Ν.1951/1991 δημιουργήθηκαν επτά προσωρινές και προσωπαγείς Μητροπόλεις καθώς και νέες θέσεις βοηθών επισκόπων. Στις εκλογές της 10ης Οκτωβρίου 1993, το ΠΑ.ΣΟ.Κ αναδείχθηκε και πάλι στην εξουσία. Παρά τις ρήξεις της Κυβέρνησης με την Εκκλησία και τις προγραμματικές διακηρύξεις του, η αναθεώρηση του Συντάγματος άφησε ανέπαφες τις διατάξεις που αφορούσαν γενικώς τις σχέσεις Κράτους – Εκκλησίας και Κράτους-Θρησκευτικών κοινοτήτων (άρθρα 3 και 13). Με την εκλογή του Μητροπολίτη Δημητριάδος και Αλμυρού Χριστοδούλου στον αρχιεπισκοπικό θρόνο (Π.Δ.99/1998), κλείνει η περίοδος της μεταπολιτεύσεως (Κονιδάρης, Εγχειρίδιο, σελ. 73).
Από το κοινωνικό χαρακτήρα της θρησκείας σαν κοινότητας φυσικών προσώπων που συνδέονται με τη κοινή πίστη πηγάζει και ο νομικός χαρακτηρισμός του φορέα της, δηλαδή της Εκκλησίας. Η Ανατολική Ορθόδοξος του Χριστού Εκκλησία είναι κατά τη διδασκαλία της θεοσύστατος οργανισμός και θρησκεία εξ αποκαλύψεως. Το άρθρο 3 του ισχύοντος Συντάγματος την ορίζει ως την ΄΄επικρατούσα΄΄ θρησκεία του Κράτους στα πλαίσια της ΄΄νόμω κρατούσης Πολιτείας΄, καθιδρύοντας με αυτό το τρόπο σχέση δημοσίου δικαίου μεταξύ τους.
Από την άλλη, το άρθρο 13, καθιερώνει το απαραβίαστο της θρησκευτικής συνειδήσεως, ενώ το άρθρο 72 παρ.1 προβαίνει σε ρητή αναγνώριση της Ελλαδικής Εκκλησίας ως μοναδική Ορθόδοξη Εκκλησία στην Ελλάδα που θα διοικείται με νόμο του Κράτους ψηφισμένο από την Ολομέλεια της Βουλής. Παράλληλα, το άρθρο 3 παρέχει στην Εκκλησία την απαιτούμενη αυτοδιοίκηση κατά τους κανόνες της. Σύμφωνα με το άρθρο 1 του Ν. 590/1977 (ΦΕΚ. Α΄ 146) ΄΄περί Καταστατικού Χάρτη της Εκκλησίας της Ελλάδος ΄΄, η Ελλαδική Εκκλησία αναγνωρίζεται ως θείο καθίδρυμα. Πρόκειται για Νομικό Πρόσωπο Δημοσίου Δικαίου (ΝΠΔΔ) ΄΄κατά τις νομικές σχέσεις΄΄ και όχι κατά τη φύση της, θέλοντας να υποδηλώσει μέσω του νομικού αυτού χαρακτηρισμού κυρίως την εκ του Συντάγματος οφειλόμενη προστασία έναντι τρίτων στην καθημερινή ζωή και στις συναλλαγές. Η Εκκλησία ως ΝΠΔΔ. δεν ταυτίζεται με τους άλλους κρατικούς ή κυβερνητικούς οργανισμούς ή τα άλλα ΝΠΔΔ. Δεν εξαρτά την ύπαρξη της ούτε την εξουσία της από το Κράτος, ούτε ανήκει σε αυτό ή σε πρόσωπα. Υπό το πρίσμα αυτό, η Εκκλησία δεν αποτελεί ως προς τις έσω σχέσεις της πολιτειακό θεσμό, αλλά έκφραση ατομικής ελευθερίας, ήτοι της ελευθερίας του συνέρχεσθαι και της θρησκευτικής ελευθερίας των πιστών. Η Εκκλησία εκτός της πνευματικής της υπόστασης αποτελεί θεσμό, κοινωνική ύπαρξη καταλαμβανόμενη εκ του δικαίου ως κοινωνικό φαινόμενο. Κατά τη διδασκαλία της, είναι θεανθρώπινος οργανισμός και θείο καθίδρυμα. Παρουσιάζεται ως κοινωνία πιστών, ανθρώπινη κοινότητα ή σύνολο ομοδόξων χριστιανών, όπως αυτή συναπαρτίζεται από εκκλησιαστικές κοινότητες που έχουν την ίδια πίστη και παράδοση. Η σύνθεση είναι νοητή είτε σαν σύνολο φυσικών προσώπων που έγιναν μέλη με το βάπτισμα), είτε σαν σύνολο θρησκευτικών νομικών προσώπων (ενορίες, μονές κλπ.) που την συναποτελούν. Έχει χαρακτήρα καθολικό, όπως δραστηριοποιείται μέσα στην εννοιολογικά ευρεία κοινωνία ανθρώπων, κοινωνική προβολή, αξία και κοινωνική δύναμη, αντιμετωπίζοντας τον άνθρωπο ως ΄΄εικόνα και ομοίωσιν΄΄ του Θεού. Τέλος, η Εκκλησία έχει οικουμενική αποστολή ΄΄πάντας σωθήναι και εις επίγνωσιν της αληθείας ελθείν.΄΄(Β Τιμ.3. 7 )
Ο όρος «Πολιτεία», κατά την αρχαιότητα, ως έννοια ευρύτερη από αυτή του πολιτεύματος σήμαινε τόσο ένα σύστημα κανόνων για την οργάνωση της πολιτικής ζωής, όσο και ένα τρόπο του πολιτικώς είναι και πράττειν στο πλαίσιο της πόλεως. Στη σημερινή νομική πραγματικότητα, καθ΄ ορισμό του Θ. Τσάτσου ΄΄Πολιτεία καλείται η εν λειτουργία συνένωσις κοινωνίας και δικαίου.΄΄. Ομοίως σύμφωνα με το κλασσικό ορισμό του Jellinek, η Πολιτεία υφίσταται ως η συνύπαρξη των εννοιών του Κράτους και της Κοινωνίας, που αποτελεί την νομική προσωπικότητα ενός λαού που ζει σε ορισμένη χώρα έχοντας πρωτογενή εξουσία. Η εξουσία αυτή μόνιμα οργανωμένη με τα στοιχεία του λαού και της χώρας, πλέον ταυτίζεται με το Κράτος, το οποίο στη στενή του έννοια είναι Νομικό Πρόσωπο Δημοσίου Δικαίου που αποτελείται από τα προβλεπόμενα στο Σύνταγμα και στους νόμους όργανα και εξαρτημένες υπηρεσίες εκτός των ανεξάρτητων ΝΠΔΔ.
Κατά καιρούς υποστηρίχθηκαν διάφορα συστήματα μορφών ρυθμίσεως των σχέσεων Πολιτείας και Εκκλησίας. Στην πολύμορφη αυτή ιστορική πραγματικότητα, τα σχήματα ποικίλλουν ανάλογα τόσο με την ιστορική περίοδο στην οποία εμφανίζονταν όσο και με το κοινωνικοπολιτικό πλαίσιο και τις μορφές του Κράτους μέσα στο οποίο διαμορφώνονταν. Από την πιο άκρατη πολιτειοκρατία έως τον απόλυτο χωρισμό και την εκ της Καινής Διαθήκης χαρακτηριστική έκφραση »απόδοτε τα Καίσαρος τω Καίσαρι και τα του Θεού τω Θεώ»(Ματθ. 22.21.), προκρίνεται η κατάταξη των συστημάτων σε συστήματα ενώσεως και διακρίσεως. Αναλυτικότερα:
Χαρακτηριστικό γνώρισμα των συστημάτων ενώσεως είναι ο στενός σύνδεσμος Εκκλησίας και Πολιτείας οι οποίες συγχωνευόμενες, υπάρχουν και δρούν με τα ίδια (κατ’ αρχήν) όργανα, ασκώντας τόσο την κρατική όσο και την εκκλησιαστική εξουσία. Ανάλογα με την κλίνουσα και επικρατούσα πλευρά, διαμορφώθηκαν τα συστήματα της ιεροκρατίας και της πολιτειοκρατίας.
I. Ιεροκρατία ή Παποκαισαρισμός: Το σύστημα αυτό πρωτοεμφανίσθηκε κυρίως στη Δύση από τον 11ο έως τον 14ο αι. με τη μορφή του συγκεντρωτισμού της κοσμικής και της εκκλησιαστικής εξουσίας στο πρόσωπο του Πάπα. Θεωρητικός εκφραστής της συγκεντρωτικής εξουσίας στους Ιερείς υπήρξε ο Άγιος Αυγουστίνος όπως αυτός εξέφρασε τις ιεροκρατικές αντιλήψεις του στο έργο του De civitate dei .Αυστηρότερη μορφή του συστήματος παρουσίασαν τόσο ο Πάπας Γρηγόριος Ζ’ ο οποίος προσπάθησε να υποτάξει κάθε κοσμική εξουσία υποστηρίζοντας την ανωτερότητα της πνευματικής εξουσίας της Εκκλησίας, όσο και ο Πάπας Βονιφάτιος Η’ με την περίφημη πλέον βούλλα Unam sanctam του 1302 όπου καταδεικνύει τον υποβιβασμό της Εκκλησίας έναντι της Πολιτείας.
ΙΙ. Πολιτειοκρατία: Σε αντίθεση με την Ιεροκρατία και την υπερβολική εξουσία στα χέρια του Πάπα, το αναπτυσσόμενο από το 14ο αι. σύστημα της Πολιτειοκρατίας φέρει τα χαρακτηριστικά της συγκέντρωσης τόσο της εκκλησιαστικής όσο και της κοσμικής εξουσίας στα όργανα της Πολιτείας. Μέσα στην ιστορική εξέλιξη το σύστημα αυτό εμφανίσθηκε με τις ειδικότερες μορφές του Καισαροπαπισμού, του εδαφισμού και της απολυταρχίας των Ρωμαιοκαθολικών Κρατών
α) Καισαροπαπισμός: To σύστημα του Καισαροπαπισμού συνιστά την πρώτη χρονικά εκδήλωση της Πολιτειοκρατίας. Εμφανιζόμενο στο μεσοδιάστημα 14ου και 16ου αι., κύριο γνώρισμα του αποτελεί η ταύτιση του αρχηγού του Κράτους με τον αρχηγό της Εκκλησίας, ενώ θεμελιώδης αρχή του ορίζει οτι ο Θεός δίνει όλη την εξουσία στον κοσμικό ηγεμόνα. Θεωρητικοί θεμελιωτές των αντιλήψεων του Καισαροπαπισμού υπήρξαν ο Δάντης στο έργο του De monarchia και ο Μαρσίλιος με την Padova Defensor pacis.
β) Εδαφισμός(territorialismus) ή Περιφερειακό Σύστημα: Χρονικά ακολουθούμενο του Καισαροπαπισμού, το σύστημα αυτό ταυτίζει κυριολεκτικά το Κράτος με την Εκκλησία, ρυθμίζοντας από κοινού τα θέματα της Εκκλησίας που αφορούσαν το διοικητικό χώρο αλλά και τα δογματικά ζητήματα της Θρησκείας. Χαρακτηριστικό της σχηματικής αντίληψης του Εδαφισμού είναι η εξουσία του Κράτους να προσδιορίζει ακόμη και τη θρησκεία των υπηκόων του κατά τον κανόνα cuius regio,illius religio.Κύρια εφαρμογή του συστήματος υπάρχει ακόμη και σήμερα στην Αγγλία όπου ο βασιλέας αναγνωρίζεται ως κεφαλή της Αγγλικανικής Εκκλησίας, το ευχολόγιο της οποίας υπόκειται στην έγκριση του Κοινοβουλίου.
γ) Σύστημα της απολυταρχίας των Ρωμαιοκαθολικών Κρατών: Στα κράτη που δεν αποδέχθηκαν την μεταρρύθμιση του Λουθήρου, οι αυτοκράτορες ανέλαβαν την εκκλησιαστική διοίκηση με απολυταρχικό τρόπο μη περιορίζοντας όμως την ελευθερία της θρησκείας, ιδρύοντας το σύστημα της απολυταρχίας των Ρωμαιοκαθολικών Κρατών. Θεμελιώδης αρχή του συστήματος αποτελεί ο ο περιορισμός των επεμβάσεων της κρατικής εξουσίας μόνο στις εξωτερικές εκδηλώσεις της Εκκλησίας (iura circa sacra) η οποία ρυθμίζει αυτοτελώς τις εσωτερικές καθαρώς πνευματικές (iura in sacra) της υποθέσεις. Το σύστημα αυτό εφαρμόσθηκε κυρίως στη Γαλλία επί Λουδοβίκου ΙΔ’ (1643-1715) και στην Αυστρία, ιδίως επί Ιωσήφ Β'(1780-1790).
ΙΙΙ. Σύστημα της νόμω κρατούσης Πολιτείας: Κατ’ ορολογία που πρώτος χρησιμοποίησε ο Κ. Ράλλης, αυτή η ήπια εξελικτική μορφή του πολιτειοκρατικού συστήματος προσιδιάζει περισσότερο των χαρακτηριστικών των συστημάτων διακρίσεως. Η Πολιτεία επεμβαίνει στα εκκλησιαστικά ζητήματα ηπίως (και όχι βιαίως) μέσω νόμων. Τα επεμβάσιμα εκκλησιαστικά ζητήματα αφορούν κυρίως το διοικητικό χώρο και τα γενικά γνωστά ως εξωτερικά ζητήματα (sacra externa) εξαιρουμένων των εσωτερικών και κυρίως πνευματικών και δογματικών ζητημάτων (sacra interna). Στα πλαίσια αυτά, καθιερώνεται το απαραβίαστο της θρησκευτικής ελευθερίας και την ελεύθερη δράση των θρησκειών και των δογμάτων στην επικράτεια. Το σύστημα της νόμω κρατούσης Πολιτείας, εφαρμόσθηκε στη Ρωσία, στη Σερβία, στη Ρουμανία και στη Βουλγαρία, ισχύει δε μέχρι και σήμερα κατά πλειοψηφική άποψη και στην Ελλάδα.
Εκ διαμέτρου αντίθετα με τη συλλογιστική των συστημάτων ενώσεως, χαρακτηριστικό γνώρισμα των συστημάτων διακρίσεως αποτελεί η όχι μόνο τυπική άλλα και ουσιαστική διάκριση της Εκκλησίας από τη Πολιτεία κυρίως σε επίπεδο οργάνων. Ιστορικά, πρωτοεμφανίσθηκε με τη μορφή του συστήματος της Ομοταξίας, ενώ ακολούθησε τα σύστημα της Συναλληλίας. Ειδικότερα:
Ι. Ομοταξία: Ως μεταβατικό στάδιο από τη πολιτειοκρατία στα συστήματα χωρισμού, το σύστημα της ομοταξίας χαρακτηρίζεται από την ισοτιμία μεταξύ της Εκκλησίας και της Πολιτείας. Η κάθε πλευρά ασχολείται με τα ίδια της θέματα χωρίς να επεμβαίνει στα ζητήματα της άλλης.
ΙΙ. Συναλληλία: Πλησιάζον στο σύστημα της Ιεροκρατίας, το σύστημα της Συναλληλίας υποστηρίζεται ότι ίσχυε στις σχέσεις Εκκλησίας Πολιτείας στο Βυζάντιο. Προϋποθέτει μεν τον διαχωρισμό Εκκλησίας-Πολιτείας αλλά ορίζει ως συστατικό του τον στενό σύνδεσμο μεταξύ τους και την αναγνώριση του Ιησού Χριστού ως κοινής υπέρτατης αρχής.
Συστήματα Χωρισμού (πλήρους και ήπιου χωρισμού):
Ι. Σύστημα του πλήρους χωρισμού: Κατά τη θεωρητική αυτή προσέγγιση, η Εκκλησία θεωρείται αυστηρώς ιδιωτική υπόθεση και ως εκ τούτου υφίσταται με το νομικό ένδυμα του Νομικού Προσώπου Ιδιωτικού Δικαίου όπως τα λοιπά σωματεία και ιδρύματα. Μειονέκτημα του συστήματος θεωρείται η ,εκ της μη ανάμειξης της Πολιτείας στα εκκλησιαστικά θέματα, έλλειψη προστασίας της Εκκλησίας από το Κράτος καθώς και η έλλειψη ιδιαίτερης εποπτείας. Το σύστημα του πλήρους χωρισμού εφαρμόσθηκε στη Γαλλία το 1905 αλλά και σε άλλες χώρες
ΙΙ. Σύστημα του ήπιου χωρισμού: Το σύστημα του ήπιου χωρισμού συνίσταται στην »ευμενή ουδετερότητα» της Πολιτείας απέναντι στην Εκκλησία και εφαρμόζεται συνήθως έναντι μεγάλων και καθιερωμένων θρησκευτικών κοινοτήτων (λ.χ. Ρωμαιοκαθολική Εκκλησία στο Σύνταγμα της Ισπανίας του 1978/1992-άρθρο 16 παρ.3).Χαρακτηριστική περίπτωση εφαρμογής της μορφής του ήπιου χωρισμού είναι οι Ηνωμένες Πολιτείες της Αμερικής των οποίων το Σύνταγμα καθιερώνει την πολιτική των ίσων αποστάσεων απέναντι στις πολυάριθμες Εκκλησίες και Θρησκευτικές κοινότητες. Ελάχιστα παραλλαγμένο ισχύει το παραπάνω σύστημα και στη Γερμανία σύμφωνα με το άρθρο 137 του Συντάγματος της Βαϊμάρης που έχει ενσωματωθεί στο άρθρο 140 του Θεμελιώδους Νόμου της Βόννης του 1949/1993.
Στην Ελλάδα το σύστημα των σχέσεων κράτους και θρησκευτικών κοινοτήτων είναι το λεγόμενο σύστημα της »νόμω κρατούσης πολιτείας» που αποτελεi μερικότερη εκδήλωση του συστήματος της Πολιτειοκρατίας. Το ελληνικό κράτος έχει ιδιαίτερους δεσμούς με την Εκκλησία της Ελλάδος οι οποίοι δεν βρίσκουν την έκφραση τους μόνο στην ιστορία και στην παράδοση αλλά και στην συνταγματική τους κατοχύρωση και στην ισχύουσα νομοθεσία (π.χ. με τη μορφή προνομίων της Εκκλησίας της Ελλάδος).
Το Κράτος νομοθετεί για τα εκκλησιαστικά ζητήματα και με νόμο μπορεί να επεμβαίνει ακόμη και σε θέματα εσωτερικής φύσεως κυρίως διοικητικά ,της Εκκλησίας. Συνταγματικό έρεισμα των κρατικών αυτών δικαιωμάτων είναι η Σ72 παρ.1, η οποία θεσπίζει ότι το αρμόδιο νομοθετικό σώμα για την ψήφιση και συζήτηση των νομοσχεδίων και των προτάσεων νόμων σχετικών με τα εκκλησιαστικά ζητήματα, είναι η ολομέλεια της Βουλής.
Στην Εκκλησία αναγνωρίζεται από τον Ν.590/1977 »Περί του Καταστατικού Χάρτη της Εκκλησίας της Ελλάδος» (άρθρo 9, παρ.1εδ.γ’), το δικαίωμα να γνωμοδοτεί »επί παντός επί ψήφισιν εκκλησιαστικού νόμου» χωρίς η γνωμοδότηση αυτή της Διαρκούς Ιεράς Συνόδου να είναι δεσμευτική για τη Πολιτεία (Πρακτικά των Συνεδριάσεων της Ολομέλειας της Βουλής των Συζητήσεων επί του Συντάγματος του 1975, Αθήναι 1975,σελ.393-421). Με τις διατάξεις των άρθρων 3,13 και 72 του ισχύοντος Συντάγματος, ορίζονται τόσο η θέση της Εκκλησίας μέσα στην Ελληνική Πολιτεία όσο και το σύστημα των σχέσεων Εκκλησίας και Πολιτείας. Το ισχύον Σύνταγμα περιέχει διάταξη (άρθρο 13) για τη θρησκευτική ελευθερία, που έχει βασική σημασία για τις σχέσεις κράτους και θρησκευτικών κοινοτήτων στο μέτρο που η θρησκευτική ελευθερία είναι αμυντικό συνταγματικό δικαίωμα όχι μόνο του καθενός ατόμου ξεχωριστά.
Το άρθρο 3παρ.1Σ, περιλαμβάνει τις θεμελιώδεις αρχές που διέπουν τη θέση της Ελλαδικής Εκκλησίας και γενικότερα της Ορθόδοξης Εκκλησίας στο Ελληνικό Κράτος. Αρχικά, καθιερώνει το ορθόδοξο δόγμα ως την επικρατούσα θρησκεία στην ελληνική επικράτεια, το αυτοκέφαλο και το αυτοδιοίκητο αυτής, και τέλος ρητά αναφέρει την αναπόσπαστη πνευματική της ένωση με το Οικουμενικό Πατριαρχείο Κωνσταντινουπόλεως.
Ζήτημα αμφισβητούμενο, ο χαρακτηρισμός της Ορθόδοξης θρησκείας ως επικρατούσας, υπέλαβε διάφορες ερμηνευτικές θεωρήσεις. Αρχικά, διατυπώθηκε η άποψη ότι ο όρος επικρατούσα σήμαινε τη θρησκεία της πλειονότητας του ελληνικού λαού. Αναζητώντας όμως το νομικό περιεχόμενο της συνταγματικής διάταξης και λαμβάνοντας υπ’ όψιν τον ισχυρό δεσμό του ορθοδόξου δόγματος με τις παραδόσεις και την πλειονότητα των Ελλήνων, καταλήγουμε στο ότι βούληση του συντακτικού νομοθέτη ήταν η αναφορά της Ορθοδόξου θρησκείας ως της επισήμου του Ελληνικού Κράτους. Η Εκκλησία που εκφράζει το δόγμα αυτό φέρει το ίδιο νομικό ένδυμα του Νομικού Προσώπου Δημοσίου Δικαίου ,κατά τις νομικές της σχέσεις όπως και οι λοιποί οργανισμοί της (άρθρο 1, παρ.4 Ν.590/1977), ενώ το Κράτος την περιβάλλει με επαυξημένο ενδιαφέρον και μέριμνα. Η ίδια απολαύει ειδική μεταχείριση που δεν επεκτείνεται αυτοδικαίως και στα υπόλοιπα δόγματα, χωρίς αυτό να είναι αντίθετο προς τη συνταγματική αρχή της ισότητας. Η ειδική αυτή συνταγματική μεταχείριση αφορά κατ’ αρχήν την Εκκλησία της Ελλάδος και τις λοιπές Μητροπόλεις αλλά περαιτέρω ειδική μεταχείριση έχουν και οι Ελληνικές ορθόδοξες Εκκλησίες της Ανατολής και της Διασποράς (Όπως η διάταξη του άρθρου 18 παρ.8Σ).
Δεν θα μπορούσε η μεταχείριση αυτή όμως να αφορά ατομικά τους πιστούς της, γιατί τότε θα οδηγούμασταν σε διαφορετική αντιμετώπιση των ετεροδόξων και των ετεροθρήσκων από το Κράτος, γεγονός που ως εκ τούτου θα οδηγούσε σε παραβίαση της αρχής της ισότητας. Η μεταχείριση αυτή δεν πρέπει να συνίσταται σε μία γενικού περιεχομένου αντιμετώπιση, να μην στρέφεται ειδικά σε βάρος ορισμένης θρησκείας ή δόγματος και της λατρείας αυτών, και να μην έρχεται σε αντίθεση με κάποια απαγορευτική ή επιτακτική διάταξη του Συντάγματος (Βλ. απόφαση του Ειρηνοδικίου Πατρών ,»Το Σύνταγμα»9 (1983)646-652-653), που έκρινε ότι αντίκειται σε απαγορευτικές διατάξεις του Σ.η διάταξη του άρθρου 11 του Ν.Δ.3485/1955,με τη οποία επιβλήθηκε σε όλους τους καταναλωτές ηλεκτρικής ενέργειας στη Πάτρα εισφορά,που εισπράττονταν με τους λογαριασμούς της Δ.Ε.Η., για την ανέγερση του ιερού ναού του Αγίου Ανδρέα).
Καθ’ όσον αφορά δε στα δικαιώματα της Πολιτείας απέναντι στην Εκκλησία, κατά το Σύνταγμα το Κράτος έχει δικαίωμα εποπτείας στη θρησκεία (ενν.στους λειτουργούς της) όπως και για όλες τις γνωστές θρησκείες (άρθρο 13παρ.3Σ) με την έννοια να μη συσταθεί κρυφία εταιρία η οποία θα είναι επικίνδυνη στην Πολιτεία ,συνοδευόμενου του αστυνομικού δικαιώματος της μη διασάλευσης της δημόσιας τάξης. Η κρατική εποπτεία επί όλων γενικά των θρησκευμάτων είναι ανατεθειμένη στη Γενική Γραμματεία Θρησκευμάτων του Υπουργείου Εθνικής Παιδείας και Θρησκευμάτων, που συστήθηκε με το Π.Δ. 417/1987. Οι αρμοδιότητες της ονομαστικά είναι οι ακόλουθες : α) Η εποπτεία της εφαρμογής της κυβερνητικής πολιτικής στον τομέα των θρησκευμάτων και β) οι αρμοδιότητες των διευθύνσεων της Εκκλησιαστικής Διοικήσεως, της Εκκλησιαστικής Εκπαιδεύσεως και Θρησκευτικής Αγωγής καθώς και Ετεροδόξων και Ετεροθρήσκων οι οποίες έχουν ήδη καθιερωθεί στο ΥΠΕΠΘ με το Π.Δ. 147/1976 »Οργανισμός Κεντρικής Υπηρεσίας του ΥΠΕΠΘ στα αρ. 5-7 ».
Πιο συγκεκριμένα, όσον αφορά στον έλεγχο της εκκλησιαστικής αυτοδιοικήσεως εκ μέρους του κράτους, οι πράξεις αυτοδιοικήσεως της Εκκλησίας υπόκεινται σε πολιτειακό έλεγχο. Υπό το καθεστώς του Ν.590/1977 αρ.26 παρ.1 πρόκειται για έλεγχο νομιμότητας και ασκείται : 1) Για την τελείωση μιας πράξης της εκκλησιαστικής αρχής ο Ν. 590/1977 απαιτεί τη σύμπραξη της Πολιτείας είτε με τη συμμετοχή κρατικών οργάνων στα πλαίσια της σύνθετης διοικητικής ενέργειας (λ.χ. η ολοκλήρωση εκλογής αρχιερέα ως Αρχιεπισκόπου απαιτεί την έκδοση προεδρικού διατάγματος Ν.590/1977 αρ. 15 παρ.6 είτε με τον τύπο παροχής εγκρίσεως, που σκοπό έχει να καταστήσει εκτελεστή την πράξη του διοικητικού οργάνου (α.ν.1369/1938»Περί ναών και εφημερίων» αρ.41 παρ.1 και ΣτΕ 721/1969). 2) Με τη συμμετοχή κρατικών λειτουργών σε συλλογικά διοικητικά όργανα της Εκκλησίας (π.χ κατά το αρ.8 ν.4149/1961 »Καταστατικός χάρτης Εκκλησίας Κρήτης» στην Ιερά Σύνοδο της Εκκλησίας Κρήτης παρακάθεται κυβερνητικός επίτροπος που διορίζεται από την Πολιτεία με Προεδρικό διάταγμα. 3) Με την ακυρωτική διαδικασία της Διοικητικής Δικαιοσύνης όπως αυτή ασκείται από το Συμβούλιο της Επικρατείας και τα διοικητικά Εφετεία, επί εκτελεστών διοικητικών πράξεων των οργάνων της Εκκλησίας, οι οποίες έχουν εκδοθεί σε εφαρμογή της κείμενης νομοθεσίας και αφορούν σε θέματα διοικητικά
Το σπέρμα του χωρισμού Κράτους και Εκκλησίας υπήρχε από τα πρώτα χρόνια διαμόρφωσης του συστήματος της νόμω κρατούσης Πολιτείας τόσο ιστορικά όσο και ως προτεινόμενη λύση στις μεταξύ τους έριδες από τις εκάστοτε κυβερνήσεις και τα συνταγματικά τους σχέδια και προτάσεις. Συνήθως το πρόβλημα φαλκιδεύεται από την αδυναμία ουσιαστικού διαλόγου και τις θεωρητικές και κοινωνιολογικές εξάρσεις. Ιστορικές ανακρίβειες αλλά και προκαταλήψεις εντείνουν το πρόβλημα παρά το οδηγούν σε μια κοινώς αποδεχόμενη λύση όπως θα μπορούσε αυτή να εφαρμοζόταν μέσα από τα πλαίσια του συστήματος του απόλυτου χωρισμού της Εκκλησίας από την Πολιτεία.
Ουσιαστικά, στην κοινωνία του σύγχρονου Ελληνισμού και στη γενική Ορθόδοξη Ελληνική συνείδηση τον πρώτο λόγο έχει η εμπειρικά διαμορφωμένη κατάσταση στις σχέσεις και η αποδοτικότητα αυτής μέσα στο κοινωνικό και πολιτικό τοπίο. Ο συνταγματικός νομοθέτης με πυξίδα τις σκέψεις αυτές θα μπορούσε να προχωρήσει σε μια μελλοντική αναθεώρηση των σχέσεων Κράτους και Εκκλησίας η οποία δεν μπορεί να πάψει να θεωρεί την Ορθόδοξη Εκκλησία επίσημη Εκκλησία του Κράτους αλλά θα μπορούσε να της αφαιρέσει κάθε δημόσια εξουσία με το πρόσχημα της ιδεολογικής ουδετερότητας του Κράτους.
Σύμφωνα όμως με το ισχύον Σύνταγμα, αν τελικά κάποιος θα αποφασίσει για τη διατήρηση ή όχι της προνομιακής θέσης της Ορθόδοξης Εκκλησίας στην ελληνική κοινωνία, αυτός είναι ο λαός (αρ.1 και 110 Σ.), από τον οποίο πηγάζουν και υπέρ του οποίου ασκούνται όλες οι εξουσίες και στο χώρο της Ορθόδοξης Εκκλησίας (‘Παρ ημίν ούτε Πατριάρχαι ούτε Σύνοδοι εδυνήθησαν ποτέ εισαγάγειν νέα διότι ο υπερασπιστής της θρησκείας εστίν το σώμα της Εκκλησίας ,ήτοι αυτός ο λαός». Πρόκειται για την απάντηση των ορθόδοξων Πατριαρχών στην εγκύκλιο του Πάπα Πίου Θ’.Βλ.Καρμίρη ,»Τα δογματικά και συμβολικά μνημεία της ορθοδόξου Καθολικής Εκκλησίας » ,τομ. Β’ ,1953 ,σελ.920).