Το ΑΡΘΡΟ 13 διαρθρώνεται σε διακριτές ενότητες: 

1.Νομολογία: Η ενότητα με τίτλο "Νομολογία" περιλαμβάνει περιλήψεις αποφάσεων εθνικών δικαστηρίων (αλλά και διεθνών, καθώς και του ΔΕΕ) με κεντρικό πυρήνα θεματολογίας το θρησκευτικό φαινόμενο. Τα κείμενα των αποφάσεων αυτών λαμβάνονται από βάσεις δεδομένων, ενώ σε ορισμένες περιπτώσεις πρόκειται για αδημοσίευτα. Περιγράφονται οι βασικές θέσεις του σκεπτικού κάθε απόφασης και παρατίθεται το διατακτικό της, χωρίς σχολιασμό εκ μέρους του εκάστοτε συντάκτη. Επίσης, σε ορισμένες περιπτώσεις παρατίθεται ολόκληρο το κείμενο της απόφασης. 

2.Αφιερώματα: Η ενότητα με τίτλο "Αφιερώματα" περιλαμβάνει εκτενείς παρουσιάσεις με συνοδεία φωτογραφικού υλικού. Δεν προβλέπονται συγκεκριμένες προδιαγραφές ούτε συγκεκριμένος τύπος παρουσίασης, υπό την έννοια ότι ένας αριθμός αφερωμάτων μπορεί να επικεντρώνεται στις εργασίες επιστημονικών συνεδρίων, ενώ ένας άλλος σε εκτενή ανάλυση ζητημάτων ιστορικών, επίκαιρων ή ζητημάτων που βρίσκονται σε σύνδεση με ορισμένο πρόσωπο. 

3.Συνεντεύξεις: Οι συνετεύξεις λαμβάνονται με επιμέλεια των μελών της ομάδας του ΑΡΘΡΟ 13 μετά από κοινή απόφαση. Στόχος της εν λόγω ενότητας είναι ο πλουραλισμός, επισημαίνεται δε ότι το ΑΡΘΡΟ 13 δεν ταυτίζεται με καμία από τις απόψεις που διατυπώνονται, καθώς δεν έχει ιδεολογικό ή πολιτικό προσανατολισμό. Απαντήσεις με περιεχόμενο υβριστικό ή προδήλως προσβλητικό απέναντι σε πρόσωπα και θεσμούς δεν αναρτώνται. 

4.Προσκεκλημένοι: Η ενότητα με τίτλο "Προσκεκλημένοι" αποτελείται από δύο στήλες. Δημοσιεύονται μελέτες και άρθρα μετά από πρόσκληση του επιστημονικού υπευθύνου που απευθύνεται στους συγγραφείς τους (ή μετά από επιλογή των άρθρων, αν πρόκειται για επιτρεπόμενη αναδημοσίευση).

5.Αρχειοθήκη: Λόγω εξωτερικών και εσωτερικών αλλαγών, ορισμένες στήλες καταργούνται και το περιεχόμενό τους μεταφέρεται στην ενότητς με τίτλο "Αρχειοθήκη".

*η ανάρτηση υλικού στις ως άνω θεματικές ενότητες, καθώς και η χρήση του υπόκειται στους γενικούς όρους χρήσης του παρόντος ιστοτόπου.